Obras de Juan de Herrera

• 

  Trazas de la Plaza Mayor, Madrid (1561- )

• 

  Palacio de El Quexigal, Robledo de Chavela (1563)

• 

  Monasterio de San Lorenzo de El Escorial.(1563)

• 

  Torre de la iglesia de Santa María, Pertusa (1570-1575)

• 

  Trazas del cuerpo central del Palacio Real de Aranjuez (1571).

• 

  Iglesia de San Eutropio, El Espinar (1572- ) continúa las obras de Rodrigo Gil de Hontañón.

• 

  Cuerpo basamento de la casa Consistorial de Toledo (1574)

• 

  Claustro de la Catedral de Cuenca (1574- )

• 

  Casa de las Siete Chimeneas, Madrid (1574 y 1577) con modificación de trazas de Antonio Sillero.

• 

  Reforma del Castillo de Simancas (1575)

• 

  Iglesia de Santo Domingo el Antiguo, Toledo (1576- )

• 

  Casa Profesa de Sevilla (1578- )

• 

  iglesia del Colegio de la Compañía de Jesús, Granada (1578- )

• 

  iglesia de Santa María, Aracena (1580- )

• 

  Trazas Catedral de Valladolid (1580).

• 

  Casa de la Moneda, Segovia (1583- )

• 

  Puente de Segovia, Madrid (1582-1584)

• 

  Puente sobre el Guadarrama entre Galapagar y Torrelodones (1582- )

• 

  Casas de Oficios, El Escorial (1ª: 1587-1589 ; 2ª: 1593-1596)

• 

  Aposento de Felipe II, Torrelodones (1590)

• 

  Iglesia de San Vicente de Fora, Lisboa (1590-1627), junto con Filippo Terzi

• 

  Iglesia de San Pedro ad Víncula, Vallecas

• 

  Plaza de Zocodover, Toledo (1590- )

Listado de obras

• Torre de la iglesia de Santa María, Pertusa (1570-1575)
• Obras en El Escorial
• Obras en el Palacio de Aranjuez (1569-1584)
• Convento de Nuestra Señora la Real de la Esperanza (1567- ) tras la muerte de Juan Bautista de Toledo.
• La Fuente Grande, Toledo (1573-78).
• Obras en El Alcázar de Toledo (1571-1586)
• Capilla de doña Juana en las Descalzas Reales de Madrid (1573)
• Casa Consistorial, Toledo (1574 – pp XVII)
• Claustro de la Catedral de Cuenca (1574- )
• Archivo de Simancas (1574-1578)
• Iglesia de Santo Domingo el Antiguo, Toledo (1576- )
• Plaza Mayor, Madrid (1582- )
• Puente de Segovia, Madrid (1577- )
• Primitivo Colegio de La Compañía de Jesús en Salamanca (1577 y 1585-86).
• La Casa Profesa de Sevilla y la iglesia del Colegio de la Compañía de Jesús en Granada (1578- ).
• Lonja de Sevilla (1578- )
• Casa de la Moneda, Sevilla (1585- )
• iglesia de Santa María de Aracena (1580- ).
• Obras en el Palacio Real de La Alhambra (1580- )
• Iglesia de Santa María de la Alhambra. (1580- ).
• San Vicente de Fora. Lisboa (1590- )
• Puente sobre el Guadarrama entre Galapagar y Torrelodones (1582- )
• Aposento de Felipe II, Torrelodones (1590)
• Casa de la Moneda, Segovia (1582-1583)
• Reforma del castillo de Villaviciosa de Odón (1583)
• Colegiata de Valladolid (1585-1587)
• Casas de Oficios, El Escorial (1ª: 1587-1589 ; 2ª: 1593-1596)
• Puente de Brunete (1588- )
• Plaza de Zocodover, Toledo (1590- )